所谓“倭国”，最初可能只是用来泛指“倭人诸国（诸部落联盟）”的笼统称呼。然后逐渐地，作为一个不断发展壮大的政治实体（部落联盟联合体），变成了特指的具体概念。到了公元二世纪末、三世纪初的卑弥呼时期，倭国俨然已经成为了日本列岛上最主要的政治势力。
这个联合体至少由对马国、一大国、末庐国、伊都国、奴国、不弥国、投马国、邪马台国、斯马国、己百支国、伊邪国、都支国、弥奴国、好古都国、不呼国、姐奴国、对苏国、苏奴国、呼邑国、华奴苏奴国、鬼国、为吾国、鬼奴国、邪马国、躬臣国、巴利国、支惟国、乌奴国等约30个小国（或部落联盟）所组成。其中，邪马台国正是此时倭国的核心所在。
由于邪马台国的地理位置事关日本早期国家的形成，以及日本列岛的统一过程，意义重大，因此成为了日本古代史研究中的一个非常关键的问题。然而这个问题在日本历史上相当长的时期里，却并不存在多少争议——因为既然日本皇室“万世一系”，那么倭国女王卑弥呼，必然也就是这“万世一系”中的某一位皇室成员了。成书于养老四年（720年）的《日本书纪》，将卑弥呼视作据说曾“征伐三韩”的神功皇后。于是邪马台国自然便与大和朝廷等同，当然也就该位于畿内地区的大和国【1】了。
注1：“国（令制国）”约相当于我国唐代的“州（郡）”，其通常是古代日本（最高或相对最高）的一级地方行政区划。大和国的区划范围，大致就是现在的日本奈良县。
这个曾经不成问题的问题——“邪马台国到底在哪里”——直到江户时代中、后期时，有一些学者开始主张邪马台国不在畿内大和，而在九州后，才正式成为了一个问题。
新井白石
江户时代中期的重要政治家、学者新井白石一度也认为“邪马台国即今之大和国也”。后来他又改变主张，提出了邪马台国当在九州筑后国山门郡的新看法，成为“九州说”的首倡者。可在他之后的一些日本学者，却开始用政治观点替代学术观点，产生了各种单纯建立在意识形态考量之上的奇谈怪论。
譬如江户时代中后期的国学学者本居宣长便认为：虽然真正的邪马台国（即大和朝廷）的确存在于畿内大和，卑弥呼（神功皇后）当然也是身处畿内大和的真实人物，但同曹魏的遣使交往及纳贡受封等事却与其无关，而是九州熊袭部落的女酋长出于自己的利益冒名行事。得出这样的结论，是由于作为国学学者的本居有着一种先入为主的观点——“万世一系的，从远古延续至今的，伟大的”皇国日本，绝不可能向其他国家称臣纳贡、接受封赐。
本居宣长
江户时代后期的国学学者鹤峯戊申则从类似的观点出发，进一步认为：九州的熊袭部落，乃是从大陆移民至九州的吴人的后裔，因此熊袭部落的女酋长冒充神功皇后臣属于曹魏，根本是在九州割据的中国人势力同中原王朝之间的事情，与日本无涉。
另外，国学学者中也有持“畿内说”的。譬如本居宣长的再传弟子，江户时代后期的另一名国学学者伴信友。他则认为：邪马台国就是位于畿内的大和朝廷。但是邪马台国同曹魏来往的动机，却是由于被中国史籍称为卑弥呼的神功皇后，在征伐三韩后，得知了中国正处在三国并立的内乱中。于是便试图通过遣使曹魏、探听虚实，如有可乘之机，便要兴兵征服中国。伴得出这一结论的出发点，很显然同样是建立在维护“神国威信”和“皇室尊严”之上的，与本居、鹤峯等人并没有什么区别。
伴信友
不过实际来看，在日本尚未建立近代历史学的江户时代，围绕邪马台国所在地的这些议论，影响其实都非常有限。
